หลังจากจบการแข่งขันฟุตบอลลีก ประจำฤดูกาล 2019 และทีมสโมสรฟุตบอล พีทีที ระยอง ทีมในระดับไทยลีก 1 ประกาศ พักทีมจากการแข่งขัน ในฤดูกาล 2020 ทำให้ตามกฎระเบียบการแข่งขัน ไทยลีก 2 ฤดูกาล 2020 จะมีทีมแข่งขันเหลือเพียง 17 ทีมเท่านั้น (อ่านเพิ่ม: สรุปทีม ตกชั้น-เลื่อนชั้น ไทยลีก 2019 หลังจาก พีทีที ระยอง พักทีม)
ต่อมา สโมสรฟุตบอล ไทยฮอนด้า เอฟซี ทีมในระดับไทยลีก 2 ประกาศ พักทีมจากการแข่งขัน ในฤดูกาล 2020 ทำให้จากเดิม ไทยลีก 2 ฤดูกาล 2019 จะมีทีมตกชั้นจำนวน 3 ทีม เหลือเพียงแค่ 2 ทีมเท่านั้น ได้แก่ อันดับ 17 สโมสรฟุตบอล อุบล ยูไนเต็ด และ อันดับ 18 สโมสรฟุตบอล อยุธยา ยูไนเต็ด (สโมสรฟุตบอลราชนาวี ได้อยู่ต่อเพื่อเลื่อนลำดับขึ้นไปเป็นอันดับ 15 ไม่ตกชั้น)
ล่าสุด สมาคมกีฬาฟุตบอลแห่งประเทศไทยฯ ได้ประกาศ เพื่อความสมดุล และทำให้เกิดความเหมาะสมในการจัดการแข่งขัน ประกอบกับเหตุผลด้านลิขสิทธิการถ่ายทอดสด ที่จำเป็นต้องยืดจำนวนทีมเข้าร่วมการแข่งขันที่ 18 ทีม จึงต้องพิจารณาทีมที่ตกชั้น 2 ทีม ได้แก่ อุบล ยูไนเต็ด และ อยุธยา ยูไนเต็ด ว่าสามารถแข่งขันต่อได้หรือไม่ (อ่านเพิ่ม: ประกาศ : สโมสรที่เข้าร่วมการแข่งขันไทยลีก 1-2 ฤดูกาล 2563)
จากผลการพิจารณา สโมสรฟุตบอล อุบล ยูไนเต็ด ไม่ผ่านคลับไลเซนซิ่ง ส่งผลให้ในฤดูกาล 2020 จะต้องลดชั้นไปแข่งขันในระดับ ไทยลีก 4 จึงทำให้ สโมสรอยุธยา ยูไนเต็ด อันดับ 18 ได้สิทธิเข้าร่วมการแข่งขัน ไทยลีก 2 ฤดูกาล 2020 ในที่สุด
สรุปทีมเข้าร่วมการแข่งขัน ไทยลีก 1 ฤดูกาล 2020
- สิงห์ เชียงราย ยูไนเต็ด
- บุรีรัมย์ ยูไนเต็ด
- การท่าเรือ เอฟซี
- ทรู แบงค็อก ยูไนเต็ด
- เอสซีจี เมืองทอง ยูไนเต็ด
- สมุทรปราการ ซิตี้
- ชลบุรี เอฟซี
- ราชบุรี มิตรผล เอฟซี
- พีที ประจวบ เอฟซี
- ตราด เอฟซี
- สุโขทัย เอฟซี
- นครราชสีมา มาสด้า เอฟซี
- สุพรรณบุรี เอฟซี (ตกชั้น แต่ได้สิทธิแข่งขัน แทน พีทีที ระยอง)
- บีจี ปทุม ยูไนเต็ด (แชมป์ ไทยลีก 2)
- โปลิส เทโร เอฟซี (รองแชมป์ ไทยลีก 2)
- ระยอง เอฟซี (อันดับ 3 ไทยลีก 2)
สรุปทีมเข้าร่วมการแข่งขัน ไทยลีก 2 ฤดูกาล 2020
- ชัยนาท ฮอร์นบิล (ตกชั้นมาจาก ไทยลีก 1)
- เชียงใหม่ เอฟซี (ตกชั้นมาจาก ไทยลีก 1)
- ศรีสะเกษ เอฟซี
- อาร์มี่ ยูไนเต็ด
- อุดรธานี เอฟซี
- ขอนแก่น เอฟซี
- หนองบัว พิชญ เอฟซี
- ลำปาง เอฟซี
- เจแอล เชียงใหม่ ยูไนเต็ด
- เกษตรศาสตร์ เอฟซี
- ไทยยูเนี่ยน สมุทรสาคร เอฟซี
- แอร์ฟอร์ซ ยูไนเต็ด เอฟซี
- เอ็มโอเอฟ ศุลกากร ยูไนเต็ด
- ราชนาวี (ตกชั้น แต่ได้สิทธิแข่งขัน แทน ไทยฮอนด้า เอฟซี)
- อยุธยา ยูไนเต็ด (ตกชั้น แต่ได้สิทธิแข่งขัน เพราะสมาคมฯ ต้องการให้ไทยลีก 2 มีทีมครบจำนวน 18 ทีม)
- ขอนแก่น ยูไนเต็ด (แชมป์ ไทยลีก 3)
- นครปฐม ยูไนเต็ด (รองแชมป์ ไทยลีก 3)
- แพร่ ยูไนเต็ด (อันดับ 3 ไทยลีก 3)